Dankzij de microben toont de samenhang tussen alle vormen van leven op microbieel niveau. Microben zijn geen ongewenste kostgangers, maar noodzakelijke en wonderkrachtige organismen en van belang voor plant, dier en mens.

Eerst beschrijft Selosse hoe de symbiose tussen microben en planten is waargenomen, hoe die symbiose heeft geresulteerd in nieuwe eigenschappen en hoe die het functioneren van elke symbiotische partner beïnvloeden.
Daarna ontcijfert hij de buitengewone symbiotische aanpassingen van dieren, zowel op het land als in het water.
Vervolgens beschrijft Selosse onze eigen microbiële metgezellen: de menselijke microbiota en zijn alomtegenwoordige en soms onverwachte bijdragen.
Tot slot demonstreert hij de rol van microbiële symbioses in ecosystemen, in de evolutie van het leven en de culturele en voedingspraktijken van beschavingen. En, als een echte Fransman, illustreert hij dat aan de hand van de productieprocessen van culinaire geneugten als wijn, kaas en bier.