De roman ‘De Schreeuw van de adelaar’ vertelt het verborgen verhaal van de Molukse vrijheidsstrijders die streden voor de onafhankelijkheid van Indonesië. En van de Indonesische verzetsmensen die tegen de Duitse bezetters vochten voor de bevrijding van Nederland. Jan Tomasowa schrijft in zijn boek over de ondergang van het koloniaal imperium Nederlands-Indië, maar ook over liefde en verraad en ongebreidelde hartstocht.
De Molukse student Dominggus Radja Da Costa Makakea Poeta ontvoert, na de Japanse capitulatie, samen met een groepje revolutionaire jongeren de verzetsleider Sukarno. Zij dwingen hem de Republik Indonesia (RI) te proclameren. Het Nederlands bewind voert twee oorlogen tegen de RI. Dominggus, zijn broer Paulus en honderdduizenden andere Indonesiërs zetten zich gewapenderhand in om het voortbestaan van de jonge RI. te garanderen. Martin, zijn oudste broer, dient als officier bij het vijandelijke Koninklijk Nederlands-Indisch Leger (KNIL). Bij de strijd om de onafhankelijkheid van Indonesië komen de broers tegenover elkaar te staan.
In Nederland vecht Mochtar, tijdens de Tweede Wereldoorlog, samen met andere Indonesische verzetsstrijders tegen het Duitse bezettingsleger. Hij wordt opgepakt en door Duitse SS’ers gemarteld. Na de oorlog voert hij in Nederland actie voor de onafhankelijkheid van Indonesië. Mochtar wordt gearresteerd en door de Nederlandse regering het land uitgezet. In Indonesië strijdt hij samen met zijn wapenbroeder Dominggus tegen het Nederlands bewind voor de bevrijding van zijn land. Dominggus wordt eerst verliefd op de Amerikaanse journaliste Surabaya Sue en later op de guerrillastrijdster Amira.
Na de val van Yogyakarta vlucht Dominggus, samen met opperbevelhebber Sudirman, de bergen in. Gedurende de lange mars door Java sluiten duizenden guerrilla’s zich bij hen aan. Nederlandse commando’s krijgen het bevel om Sudirman te liquideren. De hierna volgende gebeurtenissen leiden tot een tragische situatie waar Dominggus en zijn beide broers uiteindelijk slachtoffer van worden.