Als 'de Pruis', de oud-prefect van de katholieke jongenskostschool Waerdinge, na vijftien jaar de uitgetreden priester Teugen weer tegenkomt, gaan zijn gedachten terug naar de jaren zestig waarin zijn kostschool met grote veranderingen te maken krijgt.

De megalomane priester Swaben zal het eeuwenoude Waerdinge de nieuwe tijd binnenloodsen. Hij laat een multifunctioneel recreatie-oord aanleggen, dat onder leiding komt te staan van de priesters van de kostschool. Maar die geven zich steeds meer over aan drank en vrouwen. De jonge priester Teugen raakt verliefd op een leerlinge van het College waartoe Waerdinge behoort en vertrekt. Het gebouw Waerdinge raakt intussen steeds verder in verval.
'De Pruis' komt alleen te staan in zijn strijd tegen de verloedering. De onverwachte ontmoeting met Teugen geeft hem alsnog de kans om af te rekenen met de man die voortijdig uit Waerdinge is vertrokken.

Waerdinge is een roman over verdwijnend gezag en twijfel aan in het leven gemaakte keuzes.