Verdwenen in Duitsland vertelt het verhaal van elf slachtoffers van het concentratiekamp in het Oost-Friese dorpje Engerhafe. Dit kamp werd als een buitenkamp van Neuengamme ingericht ten behoeve van de aanleg van de zogenaamde Friesenwall. Er vielen in het korte bestaan van dit kamp in totaal 188 slachtoffers.
De grootmoeder van de schrijfster woonde in de oorlog als jonge vrouw in Engerhafe en was ontzet over de taferelen waarvan ze getuige was. Ze vertelt er later over aan haar kleindochter, die erdoor gefascineerd raakt en begint aan een zoektocht om nabestaanden van de slachtoffers op te sporen. Zo komt ze in Frankrijk, Polen, Denemarken, Nederland, Spanje, Letland en Slovenië, en hoort verhalen over het kamp en het verdriet van de nabestaanden, maar ook over het verzet in Friesland, de Spaanse burgeroorlog en de opstand in Warschau.