In het Diepe speelt zich af in een denkbeeldige middelgrote plaats midden in Nederland van 12 september 2001 (de dag na de aanslagen in de VS) tot en met 5 mei 2002 (de dag voor de moord op Pim Fortuyn), een periode waarin Nederland ingrijpend veranderde. Of niet?
In deze roman met als thema de relatieve onvrijheid en intolerantie in Nederland volgen we vier personages die daarin verwikkeld raken:
Bettina is een indertijd uit de DDR gevluchte olympisch zwemster, zo toegetakeld door doping dat zij bezig is met een proces van geslachtsverandering. Zij is badmeester in het gemeentelijk zwembad;
Evert is een nog heimelijk homoseksuele biologieleraar aan de lokale zeer gereformeerde middelbare school. Behalve zijn homoseksualiteit, vormt ook zijn overtuiging van de juistheid van de evolutieleer een probleem;
Frank is een jongen van nog net geen zestien, die op dezelfde school door zijn atheïsme in de problemen komt;
Mairsolt is een moslimmeisje van nog net geen zestien, met haar familie gevlucht uit Tsjetsjenië, klasgenoot van Frank. Haar vader is de halal-slager van het dorp. Er hangt eerwraak in de lucht.